作物遗传研究所先后主持和承担了650余项各级各类科研项目，其中：国家高技术研究发展计划“863”项目、国家重点科技攻关项目、国家自然科学基金项目、国家“十一五”支撑项目、科技部国际合作项目、农业科技成果转化资金项目、农业部“948”项目、跨越计划项目等50余项；省攻关项目、成果推广项目、国际合作项目、青年基金项目、高级专家基金项目、回国留学基金项目、星火、平台建设项目、自然科学基金项目等100余项。
　　获得科研成果奖144项，其中包括香港何梁何利基金科学与进步奖1项、国家发明奖1项、国家科技进步奖2项、国家星火科技奖1项、全国科学大会奖2项、中国科学院发明奖1项、中国科学院自然科学奖1项和省部级奖125项；育成通过国家和省级审定品种106个。